澳国立亚太学院共设立四大研究学院,包括科拉尔·贝尔亚太事务学院(Coral Bell School of Asia Pacific Affairs),文化、历史与语言学院(School of Culture, History and Language),克劳福德公共政策学院(Crawford School of Public Policy)和法规与全球治理学院(School of Regulation and Global Governance),以及11个区域研究机构,包括中国,韩国,日本,太平洋等等。