我在美国就读的项目只需要3年，申请签证的时候会给我5年学生签证么?

不会的，申请签证时会根据在美项目长短来决定签证有效期。也就是说如果现在美国读书，I-20还有1年有效，那么再次续签也只会给到I-20的截止时间。